第3回の裁判期日は、2017年2月14日に行われた。
前回の第2回期日においては、第1回期日で約束した準備書面を提出しなかった原告池田修一氏。第3回期日前にようやく準備書面(2)を提出した。

第3回期日では、裁判所から、本件訴訟で問題となっている「捏造」という表現につき、被告側の考え方を明らかにするよう、要請がなされ、次回期日までに、被告側が「捏造」という表現を説明した準備書面を提出することになった。
また、第3回期日において、村中氏代理人から池田氏代理人に対し、求釈明書(2)のとおり、本件マウス実験のデザイン、実験経過、実験結果に関するデータ等の提出、本件マウス実験に関する事実関係の説明を求めたところ、池田氏代理人は「必要ない」との回答であった。
池田氏は、信州大学から、猛省を促され、再現実験と発表の修正を求められているが、いまだに何の対応もしていない。
国民の税金を使って、本件マウス実験を行い、「捏造」と指摘されるような発表・発言を行った池田班。研究代表者である池田氏は、信州大学から求められた再現実験と発表の修正に応じておらず、裁判の場でも本件マウス実験の科学的妥当性に関する説明を行っていない。
信州大学内部においては、副学長・医学部長・第三内科教授のすべてのポストから退いて責任をとった形の池田氏だが、広く国民に対する説明が求められている。